ปุ๋ยอินทรีย์ คือปุ๋ยที่ได้จากสารอินทรีย์หรือวัสดุอินทรีย์ที่ผลิตขึ้นโดยกรรมวิธีต่างๆ อาทิ การบด การสับ การร่อน การหมัก การสกัด หรือด้วยวิธีการอื่นๆ ซึ่งต้องผ่านกระบวนการเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพด้วยย่อยสลายของจุลินทรีย์ก่อนที่จะนำไปใช้ประโยชน์ต่อพืชต่อไป
ปุ๋ยอินทรีย์ มีความสำคัญต่อการปรับปรุงดิน และให้แร่ธาตุอาหารแก่พืช เพราะประกอบด้วยอินทรียวัตถุ และแร่ธาตุต่างๆที่จะทำให้ดินมีสภาพดีขึ้น พร้อมช่วยให้พืชเจริญเติบโตได้อย่างเหมาะสม ไม่ว่าจะเป็น ฟอสฟอรัส โพแทสเซียม และธาตุอาหารอื่นๆ คุณสมบัติที่ดีอย่างหนึ่งในปุ๋ยอินทรีย์ช่วยให้ความเป็นกรดเป็นด่างของดินมีความเหมาะสมต่อการเติบโตของพืชมากขึ้น รวมถึงช่วยในการดูดยึดธาตุอาหารไว้ในดินได้มากขึ้น จึงทำให้ได้ผลผลิตที่ดีขึ้นในระยะยาว และเพิ่มความสามารถในการย่อยสลายอินทรีย์วัตถุในดินให้ดีขึ้นจากปริมาณจุลินทรีย์ในดินที่เพิ่มขึ้น
ปุ๋ยอินทรีย์ ก็มีหลายชนิด
- ปุ๋ยหมัก คือปุ๋ยที่ได้จากการหมักซากพืช ซากสัตว์ รวมถึงมูลสัตว์
- ปุ๋ยพืชสด คือปุ๋ยที่ได้จากต้นพืชในแปลงไร่นาที่ปลูกให้เจริญเติบโตจนถึงระยะที่เหมาะสมในการไถกลบลงดินขณะที่พืชยังยืนต้นอยู่ เพื่อเพิ่มอินทรียวัตถุหรือธาตุอาหารให้แก่ดินจาการเน่าเปื้อย และย่อยสลายหลังการไถกลบ และเป็นการเพิ่มปริมาณธาตุอาหาร และเชื้อจุลินทรีย์ให้แก่ดินโดยตรง
- ปุ๋ยคอก คือปุ๋ยที่ได้จากมูลของสัตว์ ไม่ว่าจะทั้งในรูปของเหลว และของแข็งที่สัตว์ขับถ่ายออกมารวมถึงน้ำล้างคอก เศษฟาง และวัสดุรองคอกที่รวมกันกับมูลสัตว์ ปุ๋ยชนิดนี้ ไม่จำเป็นต้องเตรียมให้มีขนาดเล็ก เนื่องจากถูกย่อยจากตัวสัตว์มาแล้ว ถือเป็นปุ๋ยฮิวมัสที่ประกอบด้วยอินทรีย์สาร และจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์จำนวนมาก ทั้งนี้จะมีมากหรือน้อยจะขึ้นอยู่กับชนิดของสัตว์ และอาหารที่สัตว์กิน ปุ๋ยคอกที่นิยมนำมาใช้มากในปัจจุบัน